ปัญหาการจราจรในกรุงเทพมหานครได้ทวีความรุนแรงขึ้นเป็นลำดับจนกระทั่งในปี พ.ศ. 2514 รัฐบาลไทยได้รับความช่วยเหลือจากรัฐบาลเยอรมันส่งคณะผู้เชี่ยวชาญมาทำการศึกษา สำรวจ และวางแผนแม่บทสำหรับการจราจรและขนส่งในกรุงเทพมหานคร ซึ่งได้เสนอแนะให้มีระบบรถขนส่งมวลชนแบบเร็ว (Mass Rapid Transit System) เพื่อแก้ไขปัญหาการเดินทางและการจราจรในกรุงเทพมหานคร จึงได้มี “ประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 290 ลงวันที่ 27 พฤศจิกายน พุทธศักราช 2515” จัดตั้ง “การทางพิเศษแห่งประเทศไทย” ขึ้น เพื่อจัดสร้าง “ทางพิเศษ” ซึ่งประกอบด้วย
ระบบทางด่วน (Express Way)
ระบบรถไฟฟ้าขนส่งมวลชน (Mass Rapid Transit System)
การทางพิเศษแห่งประเทศไทย
ต่อมารัฐบาลพิจารณาเห็นว่า การจราจรทางถนนในกรุงเทพมหานครติดขัดมาก สมควรเร่งรัดการดำเนินการในส่วนของระบบรถไฟฟ้าขนส่งมวลชน เพื่ออำนวยความสะดวกให้ประชาชนสามารถเดินทางได้โดยไม่จำเป็นต้องใช้รถยนต์ส่วนบุคคล ดังนั้น คณะรัฐมนตรีจึงมีมติเมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2535 เห็นชอบให้จัดตั้งรัฐวิสาหกิจภายใต้การกำกับของนายกรัฐมนตรีเพื่อรับผิดชอบการดำเนินงานโครงการระบบรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนในกรุงเทพมหานครและปริมณฑล จึงได้มีการตรา “พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งองค์การรถไฟฟ้ามหานคร พ.ศ. 2535”(ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 109 ตอนที่ 90 วันที่ 20 สิงหาคม 2535) โดยอาศัยอำนาจตามพระราชบัญญัติว่าด้วยการจัดตั้งองค์การของรัฐบาล พ.ศ. 2496
โดยที่พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งองค์การรถไฟฟ้ามหานคร พ.ศ. 2535 มีบทบัญญัติที่ไม่เพียงพอต่อการจัดทำ จัดการและการให้บริการขนส่งมวลชนด้วยระบบรถไฟฟ้า รวมทั้งการดูแลรักษาความปลอดภัยและสาธารณะ ทำให้องค์การรถไฟฟ้ามหานครมีข้อจำกัดในการใช้อำนาจตามกฎหมายและไม่สามารถให้บริการได้อย่างมีประสิทธิภาพ ประกอบกับการขนส่งมวลชนโดยระบบรถไฟฟ้าได้ทวีความจำเป็นยิ่งขึ้นมาก
จึงได้มีการตรา “พระราชบัญญัติการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2543” (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 117 ตอนที่ 114ก วันที่ 1 ธันวาคม 2543) จัดตั้ง “การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย” เรียกโดยย่อว่า “รฟม.” เพื่อปรับปรุงอำนาจหน้าที่ขององค์การรถไฟฟ้ามหานครให้สามารถดำเนินกิจการรถไฟฟ้าให้เป็นระบบและมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งอำนาจหน้าที่ในการคุ้มครองความปลอดภัยของกิจการรถไฟฟ้าและคนโดยสารรถไฟฟ้า มีฐานะเป็นรัฐวิสาหกิจภายใต้การกำกับของนายกรัฐมนตรี มีวัตถุประสงค์ดังต่อไปนี้
1. ดำเนินกิจการรถไฟฟ้าในกรุงเทพมหานครและปริมณฑล รวมทั้งจังหวัดอื่นตามที่กำหนดโดยพระราชกฤษฎีกา หรือระหว่างจังหวัดดังกล่าว
2. ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำโครงการและแผนงานเกี่ยวกับกิจการรถไฟฟ้าเพื่อปรับปรุงและพัฒนาให้ทันสมัย
3. ดำเนินธุรกิจเกี่ยวกับกิจการรถไฟฟ้าและธุรกิจอื่น เพื่อประโยชน์แก่ รฟม. และประชาชนในการใช้บริการกิจการรถไฟฟ้า
ต่อมา เมื่อ พ.ศ. 2545 ได้มีการปรับปรุงอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการและได้โอนอำนาจหน้าที่ของนายกรัฐมนตรีในส่วนของการกำกับดูแลการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย มาเป็นอำนาจหน้าที่ของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม